Παραρτήματα Μουσείου
Με την εγκαινίαση του Μουσείου στις 23 Μαΐου του 2010 λειτουργούν, στο ίδιο κτίριο έως σήμερα, τα παρακάτω παραρτήματα:
Εκθετήριο κειμηλίων Μακεδονικού Αγώνα
Στα εκθέματα του μουσείου, περιλαμβάνονται κειμήλια απογόνων Μακεδονομάχων, φωτογραφίες από την πρώιμη φάση και τη περίοδο του Μακεδονικού Αγώνα, στολές Μακεδονομάχων αγωνιστών και παραδοσιακές Καστοριανές στολές.
Σπουδαστήριο Τοπικής Ιστορίας
Με βάση το καταστατικό του συλλόγου στο Μουσείο ιδρύθηκε και λειτουργεί σπουδαστήριο ιστορίας της περιοχής της Καστοριάς με σκοπό της ανάδειξη του Μακεδονικού ζητήματος.
Τμήμα έρευνας και τεκμηρίωσης Τοπικής Ιστορίας
Στο Μουσείο υπάρχει η αίθουσα έρευνας και τεκμηρίωσης τοπικής ιστορίας, στην οποία υπάρχουν τοπικές ενδυμασίες της εποχής και το προσωπικό αρχείο του Αναστάσιου Πηχιών.
Δανειστική βιβλιοθήκη
Στο χώρου του Μουσείου λειτουργεί δανειστική βιβλιοθήκη με περισσότερους απο 2.500 τίτλους βιβλίων.
Αίθουσα χαρτών εκδόσεων 1870-1910
Στα εκθέματα του Μουσείου υπάρχει και η αίθουσα Χαρτών με τον παλαιότερο χάρτη να είναι έκδοσης του 1550 και οι υπόλοιποι 1870-1910.
Αίθουσα προβολών
Στον ισόγειο χώρο του μουσείου βρίσκεται η αίθουσα προβολών στην οποία πραγματοποιούνται διάφορες εκδηλώσεις ιστορικού και εθνικού ενδιαφέροντος.
